emacsに限らないけど.ポイントは,emacsでは括弧(は普通の文字扱いである点.グルーピングするときは,"\("とする.
([^)]+)
replace-regexpでグルーピング置換 例えば,c[10],c[9]...を~(c[10]),~(c[9])...としてみる. 下記はミニバッファに入力する際の文字列.elispとして書くときは...
\(c\[[0-9]+\]\) -> ~(\1)